Nokta-matris metotları

Genel Bakış

Nokta matris çıktıları, iki dizi arasındaki yerel benzerliklerin global resmini sağlar. Şu durumlardda kullanılır:

büyük dizileri (birkaç 1000 aminoasitlik) karşılaştırmak için
eğer iki sekansın saptanabilir bir benzerlik paylaşıp paylaşmadığı veya sekansların hangi kısımlarının birbiriyle ilişkili olduğunu önceden bilmiyorsa.
Protein dizileri içerisinde tekrarların tespiti için
protein dizileri arasında paylaşılan alanların tespiti için

Egzersiz

Bu ücretsiz ve herkese açık java uygulamasının size tanıtılması ve bir nokta matris grafik çizmek için kullanılmasını öneriyoruz:

http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/dotlet

Uygulama yüklendikten sonra "Giriş" düğmesine basmalı ve istediğiniz protein dizilerini yerleştirmelisiniz. Büyük bir protein sekansı koleksiyonuna sahip iyi bir veritabanı SwissProt' tur. Ancak bu alıştırma için size üç hazır yapıştırılabilir protein dizisi sunacağız:

>sp|P06239|LCK_HUMAN (Name=LCK;)Proto-oncogene tyrosine-protein kinase LCK
GCGCSSHPEDDWMENIDVCENCHYPIVPLDGKGTLLIRNGSEVRDPLVTYEGSNPPASPLQDNLVIALHSYEPSHDGDLG
FEKGEQLRILEQSGEWWKAQSLTTGQEGFIPFNFVAKANSLEPEPWFFKNLSRKDAERQLLAPGNTHGSFLIRESESTAG
SFSLSVRDFDQNQGEVVKHYKIRNLDNGGFYISPRITFPGLHELVRHYTNASDGLCTRLSRPCQTQKPQKPWWEDEWEVP
RETLKLVERLGAGQFGEVWMGYYNGHTKVAVKSLKQGSMSPDAFLAEANLMKQLQHQRLVRLYAVVTQEPIYIITEYMEN
GSLVDFLKTPSGIKLTINKLLDMAAQIAEGMAFIEERNYIHRDLRAANILVSDTLSCKIADFGLARLIEDNEYTAREGAK
FPIKWTAPEAINYGTFTIKSDVWSFGILLTEIVTHGRIPYPGMTNPEVIQNLERGYRMVRPDNCPEELYQLMRLCWKERP
EDRPTFDYLRSVLEDFFTATEGQYQPQP

>sp|P16333|NCK1_HUMAN (Name=NCK1;..)Cytoplasmic protein NCK1 (NCK adaptor ...
MAEEVVVVAKFDYVAQQEQELDIKKNERLWLLDDSKSWWRVRNSMNKTGFVPSNYVERKNSARKASIVKNLKDTLGIGKV
KRKPSVPDSASPADDSFVDPGERLYDLNMPAYVKFNYMAEREDELSLIKGTKVIVMEKCSDGWWRGSYNGQVGWFPSNYV
TEEGDSPLGDHVGSLSEKLAAVVNNLNTGQVLHVVQALYPFSSSNDEELNFEKGDVMDVIEKPENDPEWWKCRKINGMVG
LVPKNYVTVMQNNPLTSGLEPSPPQCDYIRPSLTGKFAGNPWYYGKVTRHQAEMALNERGHEGDFLIRDSESSPNDFSVS
LKAQGKNKHFKVQLKETVYCIGQRKFSTMEELVEHYKKAPIFTSEQGEKLYLVKHLS

>sp|P15498|VAV_HUMAN (Name=VAV1;..)Vav proto-oncogene.[Homo sapiens]
MELWRQCTHWLIQCRVLPPSHRVTWDGAQVCELAQALRDGVLLCQLLNNLLPHAINLREVNLRPQMSQFLCLKNIRTFLS
TCCEKFGLKRSELFEAFDLFDVQDFGKVIYTLSALSWTPIAQNRGIMPFPTEEESVGDEDIYSGLSDQIDDTVEEDEDLY
DCVENEEAEGDEIYEDLMRSEPVSMPPKMTEYDKRCCCLREIQQTEEKYTDTLGSIQQHFLKPLQRFLKPQDIEIIFINI
EDLLRVHTHFLKEMKEALGTPGAANLYQVFIKYKERFLVYGRYCSQVESASKHLDRVAAAREDVQMKLEECSQRANNGRF
TLRDLLMVPMQRVLKYHLLLQELVKHTQEAMEKENLRLALDAMRDLAQCVNEVKRDNETLRQITNFQLSIENLDQSLAHY
GRPKIDGELKITSVERRSKMDRYAFLLDKALLICKRRGDSYDLKDFVNLHSFQVRDDSSGDRDNKKWSHMFLLIEDQGAQ
GYELFFKTRELKKKWMEQFEMAISNIYPENATANGHDFQMFSFEETTSCKACQMLLRGTFYQGYRCHRCRASAHKECLGR
VPPCGRHGQDFPGTMKKDKLHRRAQDKKRNELGLPKMEVFQEYYGLPPPPGAIGPFLRLNPGDIVELTKAEAEQNWWEGR
NTSTNEIGWFPCNRVKPYVHGPPQDLSVHLWYAGPMERAGAESILANRSDGTFLVRQRVKDAAEFAISIKYNVEVKHIKI
MTAEGLYRITEKKAFRGLTELVEFYQQNSLKDCFKSLDTTLQFPFKEPEKRTISRPAVGSTKYFGTAKARYDFCARDRSE
LSLKEGDIIKILNKKGQQGWWRGEIYGRVGWFPANYVEEDYSEYC

Görünen iletişim kutusuna, öncelikle, hangi proteinin hangisi olduğunu belirtmek için proteinle bağlantılı kısa bir ad girmelisiniz ve ikincisi, yukarıda önerilen protein dizilerinden birini veya SwissProt veritabanında bulunan bir kopyasını kopyalayıp yapıştırın. Kopyalayıp yapıştırırken proteini tanımlayan ilk satırı içermemesine dikkat edin ve seçiminizi yalnızca ilk amino asit harfinden başlatın.

Şimdi, "Tamam" düğmesine basın; iletişim kutusu işlemi başka bir diziyle devam etmenize izin vermek için boş bırakılmıştır. Aslında, bir diziyi kendisiyle karşılaştırmak istemediğiniz sürece, bu çok ilginç değildir ve sadece tekrarlama grafikleri üretir, ikinci bir diziye de sahip olmalısınız.

Sonunda grafiği çizmek ve sonrasında keşfetmek için "Hesapla" düğmesine basın.

Sorular

Bu proteinlerden herhangi biri birbiriyle ilişkili görünüyor mu? Ortak bölgeler hangileridir? Peki bu üç protein için elde ettiğiniz sonuçları gene aynı proteinlerin SwissProt veritabanında açıklamalı olarak belirtilen tekrar ve alan mimarileri ile karşılaştırdığınızda, size anlam ifade ediyor mu? (linkler aşağıda).

http://www.expasy.org/uniprot/LCK_HUMAN

http://www.expasy.org/uniprot/NCK1_HUMAN

http://www.expasy.org/uniprot/VAV_HUMAN